总体上来看，这些病毒基因产物在宿主免疫系统逐渐增强免疫反应前能够一直保持活性。 MCV 可能通过小擦伤进入皮肤，这也是易患湿疹者及过敏体质者通过抓挠瘙痒部位更易感此病的原因。一旦 MCV 穿透表皮下层，就开始复制并向上延伸。据估计感染潜伏期从 14 天到 6 个月不等。当活动性感染开始时，表皮细胞变得肥大并延伸到真皮底层，特征性软疣小体(也称作 Henderson-Paterson 小体)在棘层细胞内形成。
随着感染进展，软疣小体增大，并引起棘层细胞向上迁移，同时增生的基底细胞层替代了迁移的棘层细胞。很少在基底层观察到病毒结构，且基底膜的结构仍保持完整。肥厚的表皮细胞突出于皮肤，传染性软疣特征性瘤体。有趣的是，直到病变自愈前很短的时间内才能看到炎性浸润。
3、诊断在大多数情况下，传染性软疣可通过形态外观作出临床诊断。然而，某些情况下诊断却相当困难。用放大镜或皮镜肉眼观察皮损特征性脐状凹陷可有助于诊断;如果肉眼观察不能明确诊断，还可通过皮损处活检病理检查或分子生物学方法如 PCR 协助诊断。典型的组织病理学表现为增生的表皮上出现一个充满软疣小体的火山口外观。软疣小体为一种大型(可达 35μm)、离散的卵圆形浆内包涵体，外观似大型嗜酸性颗粒团，可将细胞核和大量角质颗粒推到细胞一侧。
虽然识别出软疣小体是传染性软疣诊断的确凿证据，但实际中软疣小体可能分布稀疏，难以在一些密集的炎症皮损处观察到。破裂的皮损能显示出以单核细胞、中性粒细胞、多核巨细胞为主的混合炎症反应;而完好的皮损则几乎没有体现这种炎症反应。另外，通常可以通过负染色电子显微镜观察到砖形病毒体。临床上还有其他一些疾病与传染性软疣有类似疾病表现：少数情况下可能与疣相混淆，如病变位于生殖器时，可能误诊为人乳头瘤病毒感染的尖锐湿疣;另外，巨型软疣小结节也与基底细胞上皮瘤、角化棘皮瘤、寻常疣、尖锐湿疣或疣状角化不良瘤等外观表现相近。
4、临床治疗几乎在所有免疫功能正常的感染者中，传染性软疣能够自限性痊愈，愈后一般不留瘢痕。基于这点，不干预治疗是一项重要而有效的处理策略，能够最大限度地减少医疗费用。无论是否干预治疗，有一点原则是达成共识的，即临床医生应告诫患者病程期间，应避免在公共泳池游泳、与他人共浴、共用毛巾及进行密切的肢体接触等。当前治疗干预的目的仅仅是为了加速病变消除的过程。
2009 年一篇综述文章对现有的非生殖器部位的传染性软疣治疗进行了归纳，并认为尚没有足够证据支持任何一种治疗方法是绝对有效的。然而，对于单个病灶能够快速痊愈而言，临床经验上提倡刮除、冷冻及使用一些外用药。因此，患者可能出于多种原因寻求治疗，其中包括减轻瘙痒、尽量减少自体接种传播以及避免传染给他人、解决美观问题、预防留疤或者病灶处出血等。经性传播感染传染性软疣的患者应该早期接受治疗，以免传染给性伴侣。另外，免疫抑制患者也应提倡早期治疗，否则感染容易加重。治疗开始前，临床医生应该对患者全身皮肤进行仔细检查，以免漏诊病灶造成持续感染和自体接种。
刮除术、冷冻疗法和外用斑蝥素由于受众广泛及有助于自愈，是目前治疗传染性软疣的一线治疗策略。刮除术为使用刮匙物理切除病灶，该方法在荷兰为首选治疗方法;治疗失败的风险因素包括病灶数量繁多及伴随过敏性皮炎。术中可使用局部麻醉剂减轻刮除过程相关的疼痛等不适感，术后可能遗留小的、凹陷性瘢痕，因此治疗前应与家长或监护人进行充分沟通。
冷冻治疗是指使用棉签浸渍液氮点在病灶处，每组 6 至 10 秒时间。2010 年一项临床随机试验研究对比该方法与免疫调节剂咪喹莫特的疗效，结果发现冷冻治疗能够完全治愈所有患者，并比咪喹莫特能使患者更快速地自限疾病。不过，冷冻疗法所引起的不良反应也在逐渐增多，如疼痛、水疱、色素沉着和轻度疤痕等。斑蝥素是一种直达患处治疗的局部外用药膏，用法为使用棉签钝端蘸取药膏涂于患处，是美国皮肤科医生最常用的治疗方法。
为防止进一步的自体接种或传染，治疗部位应用药后覆盖纱布，并在治疗后 2 到 6 小时用肥皂水冲洗患处;每 2 到 4 周重复一次治疗。该方法禁忌症为面部、生殖器或肛周区域的病灶。一项回顾性研究发现，90% 患儿经斑蝥素治疗后能够彻底清除病灶;患者接受该疗法而痊愈的平均就诊次数为 2.1 次;约 95% 受访患儿家长表示对该疗法满意，若孩子再感染此病愿意再次接受该疗法治疗。
